Die Kernaufgabe des cc-viewer-IM: Nutzern dabei zu helfen, die ccv-Projekte auf diesem Server zu verwalten. Egal ob der Nutzer fragt „was kannst du / wobei kannst du mir helfen", oder „liste auf / welche Projekte gibt es", „welche ccv wurden gestartet", „welche Projekte laufen", „starte / öffne / fahre Projekt X für mich hoch", „gib mir eine Adresse, die ich auf dem Handy / im LAN öffnen kann", oder auch nur „hi / hello / hallo / bist du da" als bloße Begrüßung ohne konkretes Anliegen sagt — in all diesen Fällen sollte dieser Skill verwendet werden (bei einer Begrüßung stellst du dich von dir aus vor und sagst dem Nutzer, was du kannst). Sobald eine Nachricht das Ansehen, Starten oder Abrufen von Zugriffsadressen für ccv-Projekte betrifft oder nur Smalltalk ist, läuft sie zuerst hierüber — das ist die eigentliche Arbeit des IM; umgehe sie nicht und improvisiere nicht eigenmächtig.

Definitionen af cc-viewer IM's kerneansvar: at hjælpe brugeren med at administrere ccv-projekterne på denne server. Uanset om brugeren spørger «hvad kan du / hvad kan du hjælpe mig med», eller «vis/hvilke projekter findes der» «hvilke ccv er blevet startet» «hvilke projekter kører» «start projekt X for mig / åbn det / få det op at køre» «giv mig en adresse, jeg kan åbne på mobil/lokalnetværk», eller bare «hi / hello / hej / dav» som en ren hilsen uden et konkret ønske — i alle disse tilfælde bør du bruge denne færdighed (ved en hilsen tager du selv initiativ til at præsentere dig og fortælle brugeren, hvad du kan). Så længe beskeden handler om at vise ccv-projekter, starte dem eller om en adgangsadresse, eller bare er en hilsen og lidt small talk, så gå denne vej først — det er IM's egentlige arbejde, gå ikke uden om det for at improvisere på egen hånd.

التعريف الأساسي لمسؤولية IM في cc-viewer: مساعدة المستخدم على إدارة مشاريع ccv على هذا الخادم. سواء سأل المستخدم «ماذا يمكنك أن تفعل / بماذا تستطيع مساعدتي»، أو «اعرض/ما هي المشاريع المتاحة» «ما الـ ccv التي شُغّلت» «أي المشاريع قيد التشغيل» «شغّل لي مشروع X / افتحه / ابدأ تشغيله» «أعطني عنوانًا يمكن فتحه على الهاتف/الشبكة المحلية»، أو حتى مجرد «hi / hello / مرحبا / السلام عليكم / أهلا» كتحية بسيطة دون طلب محدد، فينبغي في كل هذه الحالات استخدام هذه المهارة (عند التحية بادر بالتعريف عن نفسك وأخبر المستخدم بما يمكنك فعله). ما دامت الرسالة تتعلق بعرض مشاريع ccv أو تشغيلها أو الحصول على عنوان وصول، أو كانت مجرد تحية ومجاملة، فاسلك هذا الطريق أولًا — فهذا هو العمل الأصلي لـ IM، لا تتجاوزه لتُبدِع من تلقاء نفسك.

Query TCGA tumor biology through the ucscxenatoolspy API. Supports tumor-vs-normal differential expression, gene-gene correlation, survival association, and cancer catalogue browsing across 30+ TCGA cancer types.

Generates professional clinical PDF reports in Spanish from WES (Whole Exome Sequencing) data with clinical interpretation, pharmacogenomic alerts, and follow-up recommendations.

Generates professional clinical PDF reports in English from WES (Whole Exome Sequencing) data with clinical interpretation summary, pharmacogenomic alerts, and follow-up recommendations.

Annotate VCF variants with Ensembl VEP, ClinVar, and gnomAD. Ranks variants by impact (HIGH/MODERATE/LOW/MODIFIER) and generates a reproducible report.

Fetch a regional slice of plasma pQTL summary statistics from the UK Biobank Pharma Proteomics Project (UKB-PPP; Sun 2023 Nature) for a specific (protein, ancestry) measurement. Use when an agent needs per-variant beta / SE / p-value around a coloc-lead variant for downstream colocalisation, Mendelian randomisation, or regional plotting against a pQTL exposure. The canonical use case is the cis-window around the protein's coding gene TSS, but UKB-PPP releases full-genome summary stats per protein so any GRCh38 window (including trans loci) is supported when the user supplies an explicit (chromosome, start_bp, end_bp). Input: protein_label (HGNC or UniProt), ancestry, chromosome, start_bp, end_bp. Output: harmonised TSV slice + manifest + human-readable report.

Build, query, and analyse biomedical knowledge graphs in TuringDB, a columnar graph database with git-like versioning.

Evidence-grounded target validation scoring with GO/NO-GO decisions for drug discovery campaigns

Compile SOUL.md character profiles into synthetic diploid genomes (.genome.json) via trait-to-allele mapping

Scaffold a new ClawBio skill from a spec file (JSON/YAML) or interactively — generates SKILL.md, Python skeleton, tests, and updates catalog.json

NGS read QC, alignment, and BAM processing pipeline. Wraps FastQC, BWA/Bowtie2/Minimap2, SAMtools, and MultiQC for automated read-to-BAM workflows.

Deterministic multi-sample QC triage for identity, sex, contamination, and batch-shift outliers

Export any bioinformatics analysis as a reproducible bundle with Conda environment, Singularity container definition, and Nextflow pipeline.

Produce offspring genomes from parent pairs via meiotic recombination, mutation, and clinical evaluation

Count rare, high-impact loss-of-function variants carried in a VCF, annotated with molecular consequence and population allele frequency

Blood RNA-seq expression-outlier detection for rare-disease diagnostics. Cases scored against a control reference panel; outliers ranked and filtered by a haploinsufficient disease-gene panel.

Compute organ-specific biological age from Olink proteomic data using Goeminne et al. (2025) elastic net aging clocks.

Unified personal genomic profile report — reads a PatientProfile JSON and synthesizes all skill results into a single "Your Genomic Profile" document.